У 2006 році Андрій Портнов проходить до парламенту і стає народним депутатом України V скликання від Блоку Юлії Тимошенко (БЮТ).
На дострокових парламентських виборах 2007-го Андрій Портнов знову проходить у Верховну Раду за списком БЮТ і працює у парламентському комітеті з питань правосуддя.
У 2008-му він стає заступником голови фракції БЮТ і керівником юридичного департаменту БЮТ.
Прем’єр-міністр Юлія Тимошенко призначила Андрія Портнова в.о. голови Фонду держмайна (ФДМ).
Незадовго перед голосуванням щодо обрання нового голови ФДМ у 2008 році, а Андрій Портнов був головним претендентом на цю посаду, Генеральна прокуратура оголосила, що провела перевірку і виявила «ознаки перевищення Портновим своїх повноважень, що дестабілізувало роботу ФДМ».
Проти Андрія Портнова порушують кримінальну справу за фактом замаху на незаконну приватизацію і поновлюють «справу Сахнацької».
Каменем спотикання став Одеський припортовий завод (ОПЗ). Призначений на 10 травня 2008 року конкурс з його приватизації перенесли на невизначений термін. Прем’єр-мінстр Юлія Тимошенко була вимушена це зробити якраз через порушення кримінальних проваджень проти в.о. Фонду держмайна Андрія Портнова. Тимошенко назвала це «неприкритим тиском з боку президента Віктора Ющенка».
«Я хочу вам сказати, що це не проти них (Андрій Портнов і тогочасний голова Держказначейства – ред.) порушено кримінальну справу. Ця кримінальна справа порушена проти мене особисто», – заявила тоді Юлія Тимошенко.
Такі політичні пристрасті не завадили Андрію Портнову активно просуватися у юриспруденції. Вже у 2009 році Андрій Портнов купує дисертацію на здобуття наукового ступеня доктора юридичних наук «Становлення і розвиток конституційного судочинства в Україні: проблеми теорії і практики».
19 січня 2009 року за дорученням прем’єр-міністра Юлії Тимошенко (після «російсько-української газової війни») були підписані так звані «газові угоди» з Росією (пізніше за них Юлія Тимошенко потрапить до в’язниці) – довгострокові газові контракти щодо купівлі російського газу та його транзиту Україною. А також договір про те, що «Газпром» авансом платить «Нафтогазу» 1,7 мільярда доларів за транзит російського газу в 2009 році, а ці кошти «Нафтогаз» спрямує на придбання прав вимоги «Газпрому» і ТОВ «Газпром експорт» до компанії посередника «РосУкрЕнерго» (РУЕ) на ті самі 1,7 мільярда доларів за газ, поставлений РУЕ за шістьма контрактами.
Це час, коли Андрій Портнов є керівником юридичної служби БЮТ і більшість юридичних документів готується під його наглядом.
До того ж, повідомляли, про те, що саме Портнов і Віктор Медведчук особисто були присутніми під час підписання газових угод із Росією.
Зокрема, про це заявив у січні 2019 року колишній народний депутат від Партії регіонів, Тарас Чорновіл.
А тоді, у 2009 році, Андрій Портнов далі зміцнює своє становище. За квотою юридичних вищих навчальних закладів, на ІІІ Всеукраїнському з’їзді представників вищих навчальних закладів та наукових установ, Андрія Портнова обирають на шестирічний термін членом Вищої ради юстиції (ВРЮ).
Цього ж року, у листопаді, Портнов купує собі посаду професора кафедри конституційного та адміністративного права, а з 2010 року – завідувачем кафедри конституційного права юридичного факультету Київського національного університету імені Тараса Шевченка.
На президентських виборах-2010 (відбулися 17 січня 2010 року і був призначений другий тур, куди вийшли Віктор Янукович і Юлія Тимошенко) Андрій Портнов працює заступником керівника виборчого штабу кандидата Юлії Тимошенко.
Він готує позов прем’єр-міністра Юлії Тимошенко до Печерського районного суду Києва у зв’язку з поширенням президентом Ющенком інформації про, нібито, офшори Тимошенко.
Після того, як Віктор Янукович у другому турі (7 лютого 2010 року) випередив Юлію Тимошенко лише на 3%, Тимошенко скликала своїх юристів і оголосила про намір боротися за третій тур, з огляду «на численні фальсифікації і порушення».
На думку Тимошенко, підставою для третього туру виборів президента могло стати рішення Вищого адміністративного суду або Верховного суду України.
Андрій Портнов спочатку заявив про безперспективність такої ідеї, але коли Тимошенко наполягла, Портнов попросив карт-бланш і самотужки підготував позов та направив його до Вищого адміністративного суду.
«Ми пройдемо цей шлях до кінця і забезпечимо максимальний правовий захист Юлії Тимошенко», – сказав Андрій Портнов журналістам 13 лютого 2010 року.
У позові йшла мова про розгляд фальсифікацій та перерахунок голосів на 1200 дільницях, щодо яких були подані скарги.
Судовий розгляд позову розпочався 19 лютого 2010 року. У суді Юлія Тимошенко та Андрій Портнов сиділи поруч.
У перший день судового розгляду сторона Тимошенко надавала докази фальсифікацій, але на наступний день Тимошенко… відкликала позов.
«Ми не бачимо сенсу в подальшому розгляді. З урахуванням формального розгляду судом наданих нами доказів, з огляду на небажання встановити об’єктивну істину, ми відкликаємо свій позов…», – сказала Юлія Тимошенко.
А 2 квітня 2010 року президент Віктор Янукович своїм указом призначає заступника голови фракції БЮТ у Верховній Раді Андрія Портнова заступником глави своєї Адміністрації – керівником Головного управлінні з питань судової реформи та судоустрою.
Андрій Портнов стає ще і членом Ради Національного банку України.
Тогочасні депутати від Партії регіонів або відмовлялися у парламенті коментувати журналістам це призначення, або ж висловлювали своє обурення тим, що головного юриста від БЮТ Андрія Портнова, котрий представляв інтереси Юлії Тимошенко під час розгляду справи про фальсифікацію виборів, призначили заступником Адміністрації президента Януковича.
Андрій Портнов, і з огляду на його посаду в Адміністрації Януковича, і за свідченнями багатьох народних депутатів, зокрема і від фракції Партії регіонів – із «юриста Тимошенко» став «юристом Януковича». На думку аналітиків, це зіграло свою роль у судовому процесі проти Юлії Тимошенко.
Печерський районний суд Києва 11 жовтня 2011 року засудив колишнього прем’єр-міністра України Юлію Тимошенко до 7 років позбавлення волі «за перевищення повноважень при підписанні газових угод і нанесення збитків державі на суму понад 1,5 мільярда гривень».
Щодо ролі Андрія Портнова у цій справі, то Тимошенко ще задовго до оголошення вироку стверджувала: «Кілька годин тому у Януковича була «сходка», де були Хорошковський, Льовочкін, Портнов та Отрош (глава Печерського суду). Узгоджували мій вирок». А 28 липня 2011 року Юлія Тимошенко, відповідаючи на запитання щодо залученості Андрія Портнова у цей процес, сказала: «Йому безпосередньо доручено все це проводити», вкотре наголосивши, що завдання «засудити її» дав безпосередньо Віктор Янукович. Ось такий Андрій Брут з Луганська!
Також Юлія Тимошенко іронізувала з того приводу, що для розгляду резонансних справ «розумний комп’ютер» весь час обирає чомусь суддів Печерського суду – Кірєєва і Вовка.
У цьому контексті можна згадати, що прізвища Вовка і Портнова згадуються у відповіді Вищої Ради юстиції ВРЮ на інформаційний запит журналістів.
Зокрема, там написано: «До Вищої ради юстиції 29 листопада 2010 року надійшли звернення Ремесленнікової Т.І. від 26 листопада 2010 про наявність підстав для звільнення Вовка С. І. з посади судді Печерського районного суду Києва. Перевірку відомостей… доручено провести члену ВРЮ Портнову А.В. (доручення голови ВРЮ Колесниченко В.Н. від 2 грудня 2010 року № 448/0 / 4-10). В результаті перевірки член Вищої ради юстиції Портнов А.В. прийшов до висновку про відсутності підстав для звільнення судді Печерського районного суду Києва Вовка С.В. з посади за на рушення присяги і тому пропонує затвердити результати перевірки. Вивчивши матеріали перевірки, обговоривши їх на засіданні, Вища рада юстиції погоджується з таким висновком».